Ambientato sette anni prima degli eventi di Final Fantasy VII. La compagnia Shinra sta rapidamente aumentando la propria influenza in direzione di un monopolio dell'energia mako e di una maggiore potenza militare. Dopo avere stabilito la propria base nella città di Midgar, Shinra sta per decretare il dominio assoluto sul mondo intero.

I SOLDIER sono un gruppo di abili combattenti della Shinra, la cui elite, ovvero i membri abbastanza forti da essere accolti tra i SOLDIER di prima classe, sono rispettati e idolatrati dalla cittadinanza.

Zack è un giovane SOLDIER di seconda classe intenzionato a fare carriera, il quale trascorre le sue giornate compiendo incarichi sotto la guida del mentore Angeal. Nel corso di un'operazione in Wutai, numerosi SOLDIER, capitanati dal soldato di prima classe Genesis, scompaiono. La gravità della situazione spinge i dirigenti della Shinra a schierare ulteriori operativi SOLDIER, nella speranza di porre fine alla guerra con il Wutai. La missione viene affidata a Zack, Angeal e all'eroe di prima classe noto come Sephiroth.

Quali verità si celano dietro la scomparsa di Genesis? Quali segreti uniscono i tre operativi di prima classe dei SOLDIER? Una lotta cruenta e fatale attende Zack.

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